À la fin des années 1960 un vent de changement balayait le Québec. Emporté par la création des cégeps, le Mont-Saint-Louis diplôme sa dernière cohorte d’élèves en 1968. Le vénérable édifice de la rue Sherbrooke est vendu au Cégep du Vieux Montréal. L’essoufflement de la congrégation, le poids de la nouvelle loi sur l’éducation, la séparation des niveaux secondaire et collégiale, le nouveau phénomène de la mixité, les effets de la Révolution tranquille sont autant de facteurs qui brisent la volonté de poursuivre. Cette année là le Mont-Saint-Louis fête ses 80 ans et tout indique que son histoire touche à sa fin.
C’est sans compter le sentiment profond d’appartenance des parents, des enseignants et de quelques administrateurs du Mont-Saint-Louis et de leur volonté de perpétuer la mission éducative de l’institution. Bientôt, un comité chargé d’étudier les conditions nécessaires à la poursuite des activités du Collège prend forme. Il st composé de M. Raynald Loiselle, président de l’Association de parents (et premier directeur général du nouveau MSL), du frère Urgel Bettez, directeur du cours secondaire, et de M. Robert Brunette, directeur-adjoint du secondaire et M. Claude Boutin-Duparc, directeur des finances. L’espoir prend aussi la forme concrète d’un lieu : les Jésuites annoncent la mise en vente du Collège Saint-Ignace, situé sur le boulevard Henri-Bourassa. La Société de fiducie du Québec accepte de soutenir financièrement le projet. Les frères des Écoles chrétiennes acceptent de créer le nom de « Collège Mont-Saint-Louis » et même de s’impliquer dans la renaissance de l’institution. On les retrouvera plus tard tenant des postes d’administrateurs, de directeurs ou d’enseignants. Une coopérative se forme. À l’été 1969, la nouvelle coopérative se porte acquéreur de l’ancien Collège Saint-Ignace et de tous ses biens mobiliers. La transition est accomplie. À l’automne, plus de 800 élèves font leur rentrée scolaire dans des locaux rapidement réaménagés. Restitué dans un nouvel espace et greffé dans à un nouvel environnement, le Mont-Saint-Louis ne se maintient pas moins dans ses caractéristiques essentielles, dans ses traditions et dans son histoire.
Le Collège Mont-Saint-Louis désire témoigner toute sa reconnaissance à l’endroit d ces gens d volonté qui ont permis que l’institution survive à ses lieux d’origine.